Francisco Morales Hernández nació en Salamanca el 1 de marzo de 1819 y falleció en Badajoz en 1890 a los 70 años de edad, victima de la epidemia de "grippe influenza trancazo" que asoló la ciudad, a consecuencia de ella también falleció su hija Luisa con 33 años. Era hijo de D. Vicente Morales y Dña.Vicenta Hernández. Pasó su infancia en Salamanca donde estudió varios años de dibujo en la Escuela de Bellas Artes de San Eloy, asistió a las clases de Física y Mecánica aplicada a las Artes y obtuvo la Cátedra de Matemáticas en dicha ciudad.
Su llegada a Badajoz fue en 1947 ocupando una plaza de catedrático de matemáticas en el Instituto de Segunda Enseñanza. Había obtenido el título de arquitecto el 20 de octubre de 1844, a los veinticinco años de edad y, además ostentaba el título de catedrático de Matemáticas. También, la Real Academia de las Bellas Artes de San Fernando le había reconocido como maestro arquitecto.
Con esa formación y ante el estado de deterioro en que se encontraba la ciudad se postuló como arquitecto titular. El consistorio da su aprobación y realiza el nombramiento el 25 de enero de 1849. También fue nombrado Arquitecto de la Diputación, el 26 de septiembre de 1869.
Este es el punto en el que comienza una de las etapas más renovadoras de la estética y arquitectura de Badajoz, ya que desde 1848 hasta 1917, Francisco Morales y su yerno Ventura Vaca fueron los arquitectos provinciales de Badajoz. Ellos dos eran los únicos en toda la provincia.
Francisco Morales fue el responsable de diseñar en 1850, el nuevo Palacio Municipal, en la Plaza de España, ya que por esas fechas se encontraba en las Casas Consistoriales de la Plaza Alta, las cuales estaban en mal estado. La edificación sería realizada por el contratista Manuel Brazos, la cual empezó el a finales de mayo de 1852.
En 1861 realizó el arreglo de las escalinatas de la Catedral de San Juan Bautista, y entre 1864 y 1866 realizó la adaptación del antiguo Convento de Santa Catalina y la reedificación de la parte trasera del Instituto Bárbara de Braganza que había sido destruida en un accidente.
Entre una infinidad de obras tanto en la ciudad de Badajoz como en la provincia, fue el diseñador del Teatro López de Ayala original, y en 1861 se sacaron a subasta las obras, pero fueron interrumpidas durante varios años, debido a dificultades económicas, finalmente se inauguraría en 1886. Ese mismo año proyectó para el Cementerio de San Juan, muchos de sus Panteones y su Capilla. Se ocupó de reformas en el Puente de Palmas, en la Iglesia de San Andrés, en los planos del Matadero, así como en los acerados y empedrados de diversas calles de Badajoz.
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